مجموعه مارکار در تاریخ معاصر یزد نقش مهمی در آموزش و پرورش داشته و در نزدیکی میدان مارکار قرار دارد. از دهه 90 خورشیدی، این مجموعه میزبان موزه مارکار شده که با نام موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتیان نیز شناخته می‌شود. این موزه در زیرزمین مجموعه قرار دارد و به معرفی پیشینه و آیین‌های زرتشتی، سبک زندگی زرتشتیان قدیم و زندگی پشوتن جی دوسابایی مارکار می‌پردازد.
این مجموعه شامل دو ساختمان بود که یکی برای دبیرستان و دبستان پسرانه و دیگری برای پرورشگاه بود. مجموعه مارکار در ۹ آبان ۱۳۷۷ خورشیدی در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید. فاز اول موزه مارکار در نوروز ۱۳۹۴ به سرپرستی اسفندیار اختیاری افتتاح شد و اکنون یکی از جاذبه‌های دیدنی یزد است.
موزه سکه و مردم‌شناسی حیدرزاده یزد در خانه قجری عرب‌زاده، واقع در محله فهادان، قرار دارد. این خانه پس از خریداری و بازسازی توسط میراث فرهنگی، به موزه تبدیل شد. آثار موزه توسط استاد حسین حیدرزاده از سال ۱۳۳۵ تا ۱۳۸۳ جمع‌آوری شده‌اند و در ۱۰ سالن به نمایش گذاشته شده‌اند.
معماری موزه به سبک قاجار شامل کاربندی‌ها، گچ‌بری‌های اسلیمی و کتیبه‌های مذهبی است. در این موزه، ۵۰۰۰ سکه تاریخی از دوره‌های مختلف، اسکناس‌های قدیمی و اشیای مردم‌شناسی نظیر ظروف پخت‌وپز، زیورآلات و نسخ خطی به نمایش درآمده‌اند.
مجموعه‌های دیگر موزه شامل وسایل آشپزی، انگشتر، چراغ‌های روشنایی، قفل‌ها و ابزار جنگی نیز هستند که تاریخچه و تحولات زندگی گذشتگان را نشان می‌دهند.
موزه قصر آیینه، که به عنوان موزه آیینه و روشنایی نیز شناخته می‌شود، یکی از جاذبه‌های دیدنی یزد است. این موزه در سال ۱۳۷۷ تاسیس و یک سال بعد در فهرست آثار ملی ایران ثبت شد. این موزه شامل گچ‌بری‌ها، آینه‌کاری‌ها و نقش‌ونگارهای زیبا است و آثاری مانند مجموعه‌های خطی، اسلحه، سکه، تمبر و برنزهای لرستان را به نمایش می‌گذارد.
ساختمان موزه، که به دوران پهلوی اول بازمی‌گردد، به صورت کوشکی در وسط باغی زیبا واقع شده و دارای اتاق‌های گچ‌بری و آینه‌کاری، راهروهای تودرتو و حوض‌خانه است. این بنا پس از انقلاب مصادره و به بنیاد مستضعفان تحویل داده شد و سپس به موزه تبدیل گردید. موزه در سال ۱۳۷۸ در فهرست آثار ملی قرار گرفت و نام آن به مرکز فرهنگی موزه‌ای نور و روشنایی تغییر یافت.
این مجموعه با ترکیبی از معماری سنتی و اروپایی، بخش‌های مختلفی از جمله اتاق‌های رو به استخر، شاه‌نشین و حوض‌خانه دارد. حوض‌خانه، بزرگ‌ترین و جذاب‌ترین اتاق موزه است که معماری و زیبایی منحصر به فردی دارد. موزه قصر آیینه، علاوه بر نمایش آثار تاریخی و فرهنگی، به خدمات فرهنگی و فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی نیز می‌پردازد.
موزه اسناد تاریخی یزد در خانه تاریخی و قدیمی لاری‌ها، بخشی از اسناد و مدارک تاریخی ایران از جمله کتب خطی را به نمایش می‌گذارد. خانه لاری‌ها، متعلق به دوران قاجار، با گچ‌بری‌ها، آیینه‌کاری‌ها و ظریف‌کاری‌های معماری قاجاری هنوز زیبایی خاص خود را حفظ کرده است.
موزه اسناد مهربان پولاد، معروف به موزه اسناد و نسخ خطی یزد، در کوچه بامسی و در بنای دوره صفویه قرار دارد. این موزه نسخه‌های قدیمی اوستا، نامه‌ها و عکس‌های تاریخی را به نمایش می‌گذارد. موزه در سال ۱۳۹۵ به‌عنوان نخستین موزه اسناد و نسخ استان یزد افتتاح شد و فاصله کمی با آتشکده زرتشتیان دارد.
در این موزه، آداب‌ورسوم زرتشتیان در قالب جشن‌ها و مراسم‌های آیینی به نمایش گذاشته شده و بخش‌هایی مانند چهار پسکم، اتاق اوستا، تالار مراسم، اتاق شاه‌نشین، اتاق چاه، اتاق تمبر و سکه، دمنوش خانه و فروشگاه را شامل می‌شود. هزینه بازدید از موزه در سال ۱۴۰۳، ۱۵ هزار تومان است و بازدید از آن به ۴۵ تا ۶۰ دقیقه زمان نیاز دارد.
موزه فرش اردکان یا خانه افضلی در سال ۱۳۸۸ توسط استاد پور شاه‌محمدی، بافنده و استادکار نقوش فرش، تأسیس شد. میراث فرهنگی در سال ۱۳۸۹ این خانه را خرید و پس از بازسازی، آن را برای بازدید عمومی بازگشایی کرد.
خانه افضلی با مساحت ۱۲۰۰ مترمربع دارای حیاط بزرگ، حوض آبی، ایوان دل‌باز، اتاق‌های سه دری، دیوارهای کاه‌گلی، گچ‌کاری‌های زیبا، اتاق‌های تابستان‌نشین و زمستان‌نشین، چند بادگیر، حوض‌خانه، سرداب و پایاب قنات است.
موزه فرش اردکان در زمینه شناسایی، معرفی و احیای هنر صنعت فرش و بافندگی فعالیت می‌کند. دست‌بافت‌های زنان و مردان اردکانی و سایر نقاط ایران، کارگاه‌های دوره صفویه و زیلوهای قدیمی در این موزه به نمایش درآمده‌اند. همچنین چرخه صنعت قالی‌بافی شامل مراحل ایجاد دار قالی، پنبه‌پاک‌کنی، رنگرزی و شیوه بافت فرش در سرداب خانه افضلی نمایش داده می‌شود. این موزه نشان‌دهنده قدمت زیلوبافی در اردکان است و یکی از مقاصد گردشگری داخلی و خارجی می‌باشد.
موزه پست و چاپارخانه میبد، بنایی دژگونه از عهد قاجار است که به دستور امیرکبیر در کنار کاروانسرای شاه عباسی میبد ساخته شده است. انجمن یادگارهای فرهنگی میبد با همکاری میراث فرهنگی، این بنا را طی ده سال مرمت کرده و به اداره پست تحویل داده است.
چاپارخانه‌ها یکی از مهم‌ترین دستاوردهای ایرانیان در ارتباطات بوده و وظیفه نگهداری و تیمار اسب‌ها و پیک‌ها و ارسال سریع نامه‌ها و امانت‌های دولتی را بر عهده داشتند. چاپارخانه‌ها به صورت قلعه با برج‌ها و دیوارهای بلند ساخته می‌شدند تا از آن‌ها دفاع شود.
این اثر تاریخی در تاریخ ۱۹ مردادماه سال ۱۳۷۹ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است و به دلیل کاربرد خاص آن در گذشته، برای گردشگران جاذبه زیادی دارد. موزه پست میبد شامل محوطه روباز، دو محوطه سرپوشیده، اتاق‌های مخصوص رئیس چاپارخانه و اقامت پیک‌ها و نگهبانان و چند آخور و اسطبل
